西方传教士为传播西洋天主教来到中国。对这一点，康熙皇帝当然十分清楚。但他要吸收的西方文化却不包括宗教。西方传教士千方百计地向康熙皇帝进讲天主教教理，“其不如东风过耳者几希”。他对臣民说，天主教与中国教化“原不相容”“唯西教士能通晓科学，故国家起用彼等”。由于利玛窦的规矩，天主教与中国传统文化、习俗没有发生冲突，康熙皇帝承认传教士有信仰宗教的自由，出巡时曾亲临教堂赏赐。康熙八年(1669),公布天主教禁令，禁止其在各省建立天主教堂和传教。处理历法之争时，他曾下谕旨：“其天主教，除南怀仁等照常自行外，恐直隶各省复立堂入教，仍着严行晓谕严止”。那时，康熙皇帝禁止中国人信天主教。直到康熙三十一年(1692),他经过多年观察，觉得天主教对中国并无危害，才允许中国人信天主教。他下令不许拆毁天主教堂，与佛教等一视同仁。康熙四十四年
(1705),罗马教皇十一世派遣使者多罗至中国，干涉天主教中国教民尊孔祭祖，把中国习俗视为异端，干涉中国内政。这样就同中国传统文化、习俗发生冲突，并干扰清朝的正常统治秩序。康熙皇帝为此谕多罗：近日西洋来人很杂，“如今尔来之际”,“将定例先明白晓谕，命后来之人谨守法度，不能少违方好。以后，自西洋来者，再不回去的人许他内地居住。若今年来明年去的人，不可叫他许住。此等人，譬如立于大门之前，论人屋内之事，众人何以服之，况且多事”。立这个规矩本身，就是对多罗的批评和限制，多罗于次年离京。