日本海军联合舰队司令长官山本五十六海军大将早就想夺占中途岛。杜立特上校对东京的空袭又进一步加强了山本这一决心。在他看来,让美国飞机飞临东京轰炸,惊吓圣明的天皇,是他作为帝国军人的失职和耻辱,必须防止类似的空袭再发生。而夺取中途岛是达到此目标的关键措施。于是,他制定了一个庞大的作战计划:出动联合舰队的基本兵力,包括11艘战列舰、8艘航空母舰在内的184艘战舰及700架飞机,分兵6路,杀奔中太平洋,一举夺取中途岛;寻机诱歼美国太平洋舰队的航空母舰。
杜立特空袭东京时,南云中将和他的称作机动部队的航空母舰编队,正在由印度洋回航日本的途中。开战以来,这支以6艘航空母舰及300余架舰载机为核心的机动部队,在南云指挥下,东征西讨,偷袭珍珠港旗开得胜,摧毁了美军太平洋舰队主力;而后轰炸威克岛,突击拉包尔,空袭澳大利亚的达尔文港,攻击印度尼西亚的芝拉扎。再一路西进,杀入印度洋,摧毁科伦坡和亭可马里两处英国基地,一举击沉英军“竞技神号”航空母舰。半年时间,从太平洋杀到印度洋,远航5万里,摧枯拉朽,威风八面,越发显得不可一世。南云本人也因此被日本海军誉为“常胜将军”和日本海军的大英雄。